اولين مرحله در درمان اين اختلال باور كردن مريض و احساس درد وی است. پس از آن پزشك (در ايران) يا روان درمانگر جنسی به همراهی شريك جنسی فرد درمان را شروع می كنند. به اين صورت كه فرد يك سری از ابزاری را دريافت می كند كه مانند انگشت است و معمولا از اندازه انگشت سبابه تا اندازه آلت مردانه را دارد.

فرد هر هفته وارد كردن يكی از اين ابزار را به همراه تمرين های تمركز و آرام كننده اعضای بدن به داخل واژن تمرين می كند تا زمانی كه آخرين اندازه هم بدون درد وارد واژن شود. پس از آن به تدريج ورود آلت مردانه را به واژن تجربه ميكند. اين مرحله بايد بسيار آهسته و با توجه به پذيرش بيمار انجام شود. درمان واژينيسموس بسته به عوامل مختلف می تواند تا بيش از يك سال طول بكشد.

برای افرادی كه به دنبال راه حل های سريع تر هستند درمانهايی چون نزديكی كردن آقا با خانم در حالی كه خانم توسط پزشك بيهوش شده و يا فلج كردن عضلات اطراف و دهانه واژن با تزريق موادی چون بوتاكس در ايران گزارش شده كه در دراز مدت نه تنها اثر بهتری ندارد بلكه متواند اثر بسيار مخربی روی روابط زوج ها و تصويری كه زن از خودش دارد بگذارد. اين روش ها توصيه نمي شود.

چنانچه زوج تنها با هدف بچه دار شدن می خواهند اين اختلال را بر طرف كنند، می توانند از لقاح با واسطه استفاده كنند يعنی مايع منی مرد را به وسيله ابزاری مثل قطره چكان بلند وارد واژن زن كنند و آميزش را به طور مصنوعی انجام دهند.

اين مسئله جنبه روحی و روانی دارد و نه جسمی (به جز موارد انگشت شماری كه گزارش شده جراحات و ضربات وارد آمده به ناحيه تناسلی موجب بروز اين مشكل شده). به عنوان مثال زنی كه در دوران كودكی اش به او گفته شده كه ناحيه تناسلی اش می تواند محل آبروريزی و گناه باشد و مرد ها می توانند آسيب جبران ناپذيری به پرده بكارت او وارد كنند، در آغاز زندگی مشترك ممكن است چنين مشكلی را تجربه كند.

واژينيسموس بيشتر در بين زوجهايی گزارش شده كه در فرهنگ و يا مذهبشان رابطه جنسی پيش از ازدواج شديدا منع شده و در عين حال بر تشكيل خانواده و داشتن فرزند تاكيد شده است.